Devant la présence de ou des calculs situés dans le rein (ou le début de l'uretère sous le rein); ce traitement est justifié car ils sont à l'origine d'une part de troubles (ou symptômes) tels que douleurs, saignement et infection et d'autre part de risque de blocage de l'écoulement de l'urine avec au maximum arrêt de fonctionnement du rein puis destruction du rein.
La néphro-lithotomie percutanée consiste à introduire directement dans le rein à travers la peau et la paroi du dos un appareil qui permet de voir, de fragmenter et d'enlever le ou les calculs.